저같은 경우는 64비트 환경에서 비주얼스튜디오 2010을 사용중이고 

캐드도 문제없이 사용중이라.. 저도 말씀하신 부분은 사실 잘 모르겠습니다.

2009와 함께 설치되는 .NET Framework Runtime 3.0은

제가 설치 파일을 조정한 Setup.ini 에서 수정한 부분이 없어서

2009를 32비트로 설치하는 것과 상관 여부를 모르겠습니다.

그리고 C#을 이용 캐드 관련한 것을 개발하실 예정이면

64비트 보다는 

32비트에서 설치하시는 것이 디버그하기가 좋습니다.

64비트는 32비트에서 만들어진 프로젝트의 경우 디버그 중 코드 수정이 안되는 문제가 있고

고칠 수는 있지만 32비트/64비트 테스트를 위해 고쳐가며 사용하기가 좀 번거롭습니다.

그래서 전 개발용으로 윈도우 7 32비트/ 테스트용으로 64비트,  윈도우8.1, XP 등을 멀티 부팅해서 사용중이기도 합니다.

캐드 관련한 개발이 아니라면 상관없습니다.