CUTE PDF 설치해봤는데 잘됩니다.

출력할 때 다중플롯 도움말 하단에 '참고사항' PDF로 출력에 써놨듯이

CUTE PDF도 출력시에는 '파일로 플롯' 옵션을 체크하지 않고 출력하면 됩니다.